Дата основания института - 14 февраля 1927 года.
По распоряжению А.М. Коллонтай были созданы Пункты охраны здоровья детей и подростков (которые в последствии стали детскими поликлиниками). Один из таких пунктов под №4 в этом же году был реорганизован в «Научно-практический Институт по Охране Здоровья детей и подростков» (приказ Губздравотдела №20 от 14 февраля 1927г.). В это время Институт располагался в бывшем особняке графа С.Ю. Витте.
В 1930 году Институт получил статус «областного» и переехал на ул. Песочную д.9 (бывшая лечебница А.Г. Конасевича для нервных и душевнобольных), ныне улица профессора Попова.
Затем институт был реорганизован в «Ленинградский научно-исследовательский педиатрический институт» (1940-1961 гг.). Приоритетными направлениями научной деятельности были разработка гигиенических нормативов, организация службы охраны здоровья детей и подростков, системы рационального вскармливания, работы детской поликлиники, детских садов и рабочих мест школьников, изучение физиологии становления и развития условных рефлексов и физиологических функций организма ребенка, а также различных вариантов патологии детского возраста при соматических заболеваниях. Академики Л.А.Орбели, Н.И. Красногорский – ученик И.П.Павлова, А.С.Грибоедов – ученик В.М.Бехтерева определили в это время пути становления института. В 1961 году на базе в «Ленинградского научно-исследовательского педиатрического института» был создан Научно-исследовательский институт детских инфекций (НИИДИ). Первым руководителем института стал профессор А.Л. Либов. НИИДИ до настоящего времени продолжает оставаться единственным учреждением в России подобного профиля деятельности.
В 1931 году были созданы клиники по изучению детского сердца и ревматизма (заведовал профессор Н.И. Осиновский, а с 1933 г. профессор А.Б. Воловик), туберкулеза (профессор В.О. Мочан). В 1932 году была открыта детская психоневрологическая клиника, которая в 1936 году преобразована в клинику органических заболеваний нервной системы (клинику возглавил профессор А.С Грибоедов, а затем профессор Н.А. Крышова).
В 1940 году был организован отдел профилактики и терапии детских инфекций, координирующий деятельность инфекционных больниц города. В годы Великой Отечественной войны во время блокады г.Ленинграда Институт изменил свой статус (функционировал как детская больница), однако в Институте продолжали лечить и выхаживать детей с алиментарной дистрофией. В послевоенные годы возобновилась деятельность института по профилю деятельности. В эти годы учреждение выступало инициатором реализации программы глобальной ликвидации натуральной оспы - приоритетной задачи ВОЗ. В 50-е годы на базе института был создан межобластной Центр по борьбе с полиомиелитом.
В 1961 году, когда инфекционная направленность деятельности института стала основной, создается организационно-методический отдел, научная библиотека, в 1962 году – отдел вирусного гепатита и кишечных инфекций, в 1963 году – клиника нейроинфекций. В этом же году организовывается вирусологическая, биохимическая лаборатории, лаборатория функциональных методов диагностики. Для проведения экспериментальных исследований в 1965 году создается виварий. В этом же году в институте организовывается отдел иммунопрофилактики инфекций с клиникой прививочных реакций. В 1966 году был создан отдел респираторно-вирусных инфекций. В 1969 году открывается консультативное поликлиническое отделение, в 1975 году – отдел научно-медицинской информации. В 1977 году к существовавшим лабораториям добавляется иммунологическая, бактериологическая и патоморфологическая лаборатории.
За заслуги перед Отечеством и в связи с 50-летним юбилеем в 1977 году Институт был награжден орденом «Знак Почета». В этом же году на Ленинградский НИИ детских инфекций МЗ РСФСР были возложены функции Головного института по проблеме «Острые детские инфекции» и создана при нем соответствующая Проблемная комиссия, координирующая профильные исследования в стране.
Директором Института в 1976 году была назначена Иванова Вера Васильевна. В 1979 году в институте было открыто отделение реанимации. В 1979 году решением медсовета Главного Управления здравоохранения г.Ленинграда на базе отдела иммунопрофилактики инфекций с клиникой прививочных реакций был организован Городской Центр консультативной и методической помощи по вопросам иммунопрофилактики, а в 1989 году решением Коллегии МЗ РСФСР от 22.08.89 г. центру был придан статус Российского консультативного центра, а также центра по подготовке врачей для работы по иммунопрофилактике.
В 1988 году на базе отдела нейроинфекций создан центр по борьбе с менингококковой инфекций. Коечный фонд клиники к этому времени составил 337 коек. В эти годы научными направлениями института являлись разработка организационных основ оказания медицинской помощи детям с инфекционной патологией, усовершенствование и разработка экспрессных методов диагностики вирусных и бактериальных инфекций, совершенствование терапевтической тактики инфекционных заболеваний на основе всестороннего изучения патогенеза, совершенствование вакцинопрофилактики.
С 1991 года на базе Института осуществляет деятельность кафедра инфекционных болезней у детей ФП и ДПО Санкт-Петербургского государственного педиатрического медицинского университета, с образованием которой повышение квалификации врачей приобрело системный характер.
В 2008 году Институт становится подведомственным учреждением Федерального медико-биологического агентства России – Федеральное государственное учреждение «Научно-исследовательский институт детских болезней Федерального медико-биологического агентства России». Директором Института назначен Лобзин Юрий Владимирович, Заслуженный деятель науки Российской Федерации, академик РАН профессор, сменивший в этой должности Иванову Веру Васильевну, член-корреспондента РАМН, профессора. В 2012 году Институт переименован в Федеральное государственное бюджетное учреждение «Научно-исследовательский институт детских болезней Федерального медико-биологического агентства» (ФГБУ НИИДИ ФМБА России).
В целях реализации Государственной политики по улучшению демографической ситуации в стране в Институте в 2008 году созданы новые отделы, такие как отдел врожденных инфекций, микозов. В 2009 г. начали работать отдел молекулярной эпидемиологии и микробиологии, отдел организации медицинской помощи. В 2010г. создан отдел реабилитации и восстановительной терапии. Задачами отдела являются: разработка единого методологического подхода реабилитации инфекционных больных в зависимости от этапа реабилитации; внедрение этих принципов в практическое здравоохранение.
С 2009 года Институт работает по программам обязательного и добровольного медицинского страхования оказания медицинской помощи детям.
Впервые за всю историю Института за период 2008–2011 гг. три достижения научных исследований сотрудников удостоены статуса ОТКРЫТИЯ и получены дипломы на открытие:
- Диплом № 380 на открытие «Закономерность структурных изменений в биологических жидкостях организма человека и животных под воздействием факторов окружающей среды» (заявка на открытие № А-476 от 17 марта 2009 г.).Авторы открытия: Ю.В. Лобзин, А.Б. Белевитин, В.Н. Кидалов и соавт.
- Диплом № 387 на открытие «Закономерность взаимосвязи между расположением области периостального застоя крыши черепа и локализации разрывов мозжечкового намета у плодов и новорожденных, родившихся при самопроизвольных родах и головном предлежании» (заявка на открытие № А-487 от 13 декабря 2009 г.) Авторы открытия: Ю.В. Лобзин, В.В. Власюк и соавт.
- Диплом № 405 на открытие «Закономерность течения патологического процесса в организме человека, инфицированного C. Trachomatis» (заявка на открытие № А-508 от 12 августа 2010 г.) Авторы открытия: Ю.В. Лобзин, А.Л. Позняк и соавт.
В 2008 году Институт совместно с Межрегиональной общественной организацией «Ассоциация врачей-инфекционистов Санкт-Петербурга и ленинградской области» выступил учредителем научно-практического журнала «Журнал инфектологии», первый номер которого был издан в 2009 году.
Ежегодно с 2010 г. Институт проводит Всероссийские конгрессы по актуальным вопросам инфекционных заболеваний у детей, в работе которых принимают участие до 500 врачей из 40–60 регионов Российской Федерации.
С 2011 года в Институте решением Ученого совета присваивается почетное звание «Почетный доктор ФГБУ НИИДИ ФМБА России».
В 2008 году началась работа по реконструкции старых зданий Института и строительство новых. В результате выполнения этой программы в 2017 году общая площадь Института составит более 35 000 м2.
В настоящее время коечный фонд клиники Института составляет - 350 коек. На сегодняшний день ФГБУ НИИДИ ФМБА России является крупнейшим научно-лечебно-учебным учреждением, в котором имеются все условия для проведения научных исследований, обеспечения высококачественной медицинской помощи и непрерывного последипломного образования.
Ежегодно получают медицинскую помощь в клинике Института около десяти тысяч детей, консультативную помощь в консультативно-диагностической поликлинике до 10 000 маленьких пациентов не только Санкт-Петербурга, но и со всех регионов России. Каждый год в Институте обучается около 20 аспирантов и клинических ординаторов, до 100 врачей на рабочих местах.
